Cuentan las crónicas que en mayo de 1505 Cristóbal Dorantes hizo concesión de sus casas para que se levantase en ella la que sería segunda parroquia de la ciudad y dedicada a Nuestra Señora de la Concepción, siendo 1515 la fecha en la que se inició su construcción.
La iglesia originaria constaba, al igual que hoy, de tres naves espaciosas con un retablo mayor del que no quedan vestigios. Es de arquitectura gótico mudéjar enmascarada con elementos barrocos, añadidos tras el terremoto de Lisboa de 1755, en la que fue muy dañada. Fue restaurada en su totalidad en 2006.
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