En sus inicios, estaba dedicada al apóstol Santiago después de la conquista de Huelva por Alfonso X el Sabio, en la que debió participar La Orden de Santiago. Es lógico que así fuera ya que durante la conquista la orden de Santiago tuvo un papel protagonista dentro de las huestes del Rey de Castilla y León. Es considerada la primera parroquia de la Villa.
La ermita que hoy está abierta al culto y acoge a la hermandad del Santo Entierro desde su fundación, data del siglo XVIII, ya que en las crónicas de la ciudad de Huelva después del terremoto de Lisboa de 1755 se hablaba de las escasas alteraciones sufridas en la ermita por el seísmo.
