Se conoce la existencia de una iglesia en Valverde de Alcalá desde 1576, posiblemente derruida para construir la actual iglesia parroquial de Santo Tomás Apóstol, que conserva imágenes y restos del retablo original del gótico tardío (finales del siglo XVI). El edificio cuenta con una nave rectangular y un coro de madera, además de una sacristía conectada al presbiterio, donde se encuentra un crucifijo del siglo XVIII y restos de un retablo dorado del siglo XVII. La torre, construida en mampostería de piedra y reforzada con sillares de caliza, tiene tres cuerpos diferenciados.
El exterior, con muros enlucidos y detalles de cantería, se asienta sobre un antiguo cementerio, añadiendo carácter histórico y sagrado.
La iglesia ha sufrido tres grandes intervenciones: una en el siglo XVII para consolidar y ampliar el templo, otra en el último tercio del siglo XVIII para añadir una barbacana y una torre con capitel de pizarra, y una última en torno a 1870-1880, que resultó en la desaparición del presbiterio.
En 1968, Jesús Serrano Gómez realizó trabajos para evitar humedades y reconstruyó la pared del presbiterio en ladrillo visto. Se excavó la torre hasta el sotocoro y se añadió una nueva puerta. Entre 2008 y 2010, la Dirección General de Patrimonio Histórico de la Comunidad de Madrid realizó una intervención integral, restaurando cubiertas, fachada, techumbre original, y sustituyendo elementos dañados por otros similares.
La Iglesia de Santo Tomás Apóstol es un custodio de la historia y el arte religioso, reflejando transformaciones arquitectónicas y espirituales a lo largo de los siglos.
