La ermita de San Nicolás aparece por primera vez en 1634 como lugar de reunión y culto de los marinos de Algorta, bajo la advocación de su santo patrón. Solucionaba así la necesidad de un lugar donde celebrar esas dos funciones básicas dentro del mismo barrio del puerto. Construida sobre una roca al arranque de la calle San Nicolás, la ermita tenía una nave única rectangular con ábside poligonal de tres lados, tamaño reducido, y estaba fabricada en mampostería con sillares en esquinas y vanos. Se coronaba con una sencilla espadaña y pórtico delantero.
Con el traslado de la sede de la Cofradía de Mareantes a la casa Etxetxu y la construcción en Algorta de la nueva iglesia de San Nicolás en el siglo XIX, el edificio se reformó y adaptó a nuevos usos. Para 1870 ya se había convertido en Escuela Náutica, gracias al acuerdo entre el Ayuntamiento y la Cofradía. Posteriormente, fue cambiando su morfología según lo requerían las diferentes funciones a las que se dedicó, tales como casa de las y los maestros, calabozo, almacenes, usos sociales, cuartel y comisaría. Las transformaciones sufridas a lo largo de su historia han modificado casi por completo su aspecto original, hasta llegar al actual edificio de viviendas de la calle San Nicolás, número 23.