San Nikolas ermita 1634. urtean agertzen da lehen aldiz, Algortako marinelen topaleku eta gurtzarako leku modura, bertako patroi sainduaren izenpean. Modu horretan, kaia hartzen zuen auzoaren barnean oinarrizko bi funtzio horiek betetzeko premia ebazten zen. Ermita San Nikolas kalearen hastapenean eraiki zen, harkaitz baten gainean. Nabe bakarra zuen, laukizuzena, hiru aldeko abside poligonal batekin. Txikia zen eta harlangaitzaz zegoen eraikia, ertzetan silarriz eta baoz hornitua. Gainaldean kanpai-horma sinple bat zegoen eta aurrealdean ermitaren ataria.
Nabigatzaileen Kofradiaren egoitza Etxetxu etxera mugitu eta Algortan XIX. mendean San Nikolas eliza berria eraiki zenean, eraikina eraberritu eta erabilera berrietarako egokitu zen. 1870. urtean Eskola Nautikoa zen jadanik, Udalaren eta Kofradiaren arteko akordioari esker. Ondoren, bere morfologia aldatuz joan zen hartu zituen funtzio ezberdinen arabera, esate baterako, aisu-etxe, ziega, biltegi, erabilera sozialetarako egoitza, kuartela eta komisaria. Bere historian zehar izandako eraldaketen ondorioz bere jatorrizko itxura aldatu egin da ia erabat, egun San Nikolas kaleko 23. zenbakian dagoen etxebizitza-eraikina izatera iritsi arte.