L’ermitage de San Nicolás apparaît pour la première fois en 1634 comme lieu de réunion et de culte des marins d’Algorta, sous le patronage de leur saint tutélaire. On résolvait ainsi le besoin d’un lieu où célébrer ces deux fonctions fondamentales dans le propre quartier du port. Construit sur un rocher au commencement de la rue San Nicolás, l’ermitage présentait une seule nef rectangulaire avec une abside polygonale à trois côtés, une taille réduite et il était construit en maçonnerie avec des pierres de taille dans les coins et les embrasures. Il était couronné d’un simple campanile et présentait un portique à l’avant.
Avec le transfert du siège de la Confrérie des Mareyeurs à la Maison Etxetxu et la construction à Algorta d’une nouvelle église de San Nicolás au XIXe siècle, le bâtiment fut réformé et adapté pour de nouveaux usages. En 1870, il s’était transformé en École nautique, grâce à l’accord passé entre la Mairie et la Confrérie. Ultérieurement, il changea sa morphologie en fonction des besoins des diverses fonctions auxquelles il fut dédié, telles que maison de maîtres d´école, cachot, entrepôt, usages sociaux, caserne et commissariat. Les transformations subies tout au long de son histoire ont modifié presque complètement son aspect original, jusqu’au bâtiment d’habitations actuel de la rue San Nicolás, au numéro 23.