La gare faisait partie de la ligne Zafra-Huelva, initialement attribuée aux sociétés Sundheim et Doetsch, et ouverte en 1889 par la compagnie ferroviaire Zafra-Huelva, son dernier propriétaire. Il a été construit à la périphérie de la ville, de sorte qu'un nouveau centre d'attraction urbaine s'est développé autour de lui.
Le bâtiment restant appartient aujourd'hui au Gouvernement régional d'Andalousie, la gare ayant été définitivement fermée en 1976. Son style rappelle vaguement le néo-mudéjar et ces bureaux ont été construits pour commémorer le 4e centenaire de la découverte. Ils furent restaurés en 1987 par les architectes José Álvarez Checa et Ángel López Macías.