Il s'agit d'un bâtiment commencé en 1605 et résultat d'une série d'interventions architecturales qui ont commencé dans le style Renaissance et ont évolué vers le style baroque, avec certains éléments coloniaux et conventuels.
Ses origines remontent à une chapelle qui faisait partie du couvent dont la construction fut ordonnée par le seigneur de Huelva, Don Alonso Pérez de Guzmán, VIIe duc de Medina-Sidonia, pour être occupée par les frères Mercédaires Déchaussés. Sa période d'exécution varie selon les sources, mais l'estimation chronologique se situe autour de 1615.
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