À ses débuts, elle fut dédiée à l'apôtre Santiago après la conquête de Huelva par Alphonse X le Sage, à laquelle l'Ordre de Santiago a dû participer. Il est logique que ce soit le cas puisque lors de la conquête, l'Ordre de Santiago a joué un rôle de premier plan au sein des armées du roi de Castille et León. Elle est considérée comme la première paroisse de la Villa.
L'ermitage, aujourd'hui ouvert au culte et qui abrite depuis sa fondation la Confrérie du Saint Enterrement, remonte au XVIIIe siècle, puisque les chroniques de la ville de Huelva après le tremblement de terre de Lisbonne de 1755 parlent des quelques altérations subies par l'ermitage à cause du tremblement de terre.
