Em seus primórdios, foi dedicada ao apóstolo Santiago após a conquista de Huelva por Afonso X, o Sábio, na qual deve ter participado a Ordem de Santiago. É lógico que assim foi, já que durante a conquista a Ordem de Santiago desempenhou um papel de liderança dentro dos exércitos do Rei de Castela e Leão. É considerada a primeira paróquia da Villa.
A ermida, que hoje está aberta ao culto e acolhe a Irmandade do Santo Enterro desde a sua fundação, remonta ao século XVIII, pois as crónicas da cidade de Huelva, depois do terramoto de Lisboa de 1755, falavam das poucas alterações sofridas pela ermida devido ao terramoto.
