As crônicas contam que em maio de 1505 Cristóbal Dorantes cedeu suas casas para a construção do que viria a ser a segunda paróquia da cidade e dedicada a Nossa Senhora da Conceição, sendo 1515 a data em que sua construção teve início.
A igreja original era composta, como hoje, por três naves espaçosas, com um retábulo-mor do qual não restam vestígios. É de arquitetura gótico-mudéjar mascarada com elementos barrocos, acrescentados após o terremoto de Lisboa de 1755, no qual ficou bastante danificado. Foi completamente restaurado em 2006.
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