De las trece ermitas y oratorios que existieron en Estremera durante los siglos XVI, XVII y XVIII, solo se ha preservado la cripta del Santo Sepulcro, ubicada en el cementerio parroquial construido en 1833.
La capilla fue edificada a finales del siglo XVI en las afueras del pueblo y consagrada el 4 de mayo de 1603 por un obispo auxiliar de Toledo. Fue promovida por los hermanos de la Cofradía de la Preciosa Sangre de Cristo para custodiar la talla del Cristo Sepultado, que se convirtió en uno de los patrones de la villa. Hasta hace pocos años, la capilla albergó las imágenes del Cristo yacente y la Virgen de la Soledad, ahora trasladadas a la parroquia.
El templo, con diseño de sepulcro, tiene una planta en forma de cueva excavada en una ladera. Está compuesto por tres naves subterráneas con muros de cantería, pila res con arcos de medio punto, nave central con bóveda de cañón y cúpulas, naves laterales con bóvedas de arista, y crucero con cúpula. La fachada exterior, de estilo renacentista, presenta una puerta con arco de medio punto, dos vanos adintelados, una gran cruz, varias bolas decorativas y un pequeño campanil con frontón.
El diseño muestra influencias del estilo clasicista de Juan de Herrera, arquitecto del monasterio de El Escorial, o de sus discípulos, como Juan Gómez de Mora, probablemente gracias a la mediación de doña Ana de Mendoza, primera duquesa de Estremera y dama de la corte de Felipe II.
Desafortunadamente, la estructura centenaria se derrumbó en los años 50 del siglo XX, requiriendo una reconstrucción completa, aunque se mantuvo intacta la fachada renacentista. En su interior se conservan varias imágenes sagradas talladas en los siglos XVII y XVIII, que sobrevivieron a la destrucción de la Guerra Civil.
