En 1534 se inician las obras de construcción, pero éstas no terminan hasta 1626. En su interior se intuye el paso del tiempo a través de los estilos arquitectónicos que la han ido conformando: Gótico, Plateresco, Renacentista y Barroco. La Iglesia sufrió importantes daños durante la Guerra de la Independencia que afectaron fundamentalmente a la cubierta y a los ornamentos.
Francisco de Goya realizó un lienzo para decorar la iglesia, “La Asunción de la Virgen” ubicado en el centro del Altar Mayor en 1812, a petición de su hermano Camilo, Capellán de esta iglesia.
