Les chroniques racontent qu'en mai 1505, Cristóbal Dorantes céda ses maisons pour la construction de ce qui deviendrait la deuxième paroisse de la ville, dédiée à Notre-Dame de la Conception, 1515 étant la date à laquelle sa construction commença.
L'église primitive se composait, comme aujourd'hui, de trois nefs spacieuses avec un retable principal dont il ne reste aucune trace. Il s'agit d'une architecture gothique-mudéjar masquée par des éléments baroques, ajoutés après le tremblement de terre de Lisbonne de 1755, au cours duquel elle a été gravement endommagée. Il a été entièrement restauré en 2006.
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